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    <title _msttexthash="118841684" _msthash="0">项目：1000条鱼转录组序列数据库 - CNGBdb</title>
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          content="Fish-T1K(Transcriptomes of 1,000 fishes) project, generating genome-wide transcriptome sequences using RNA-seq, will greatly advance the study of fish biology.">
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          content="FISHT1K, FISHT1K project, fish database, FISHT1K project, fish species, fish dna, fish diversity, fish research projects, study of fish">
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        #allsites-messages {
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            border: 1px 0px 0px 0px;
            margin: 0;
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            left: 0;
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        }

        #site-messages {
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        /* 以下所有样式，仅用于frame.html */
        /* 最外层响应式框架配置 */
        html {
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        body {
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            font-family: 'Open Sans', Lato, 'PT Sans', Arial, 'Hiragino Sans GB', 'WenQuanYi Zen Hei Mono', sans-serif;
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        a {
            color: #428bca;
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        a:hover,
        a:focus {
            color: #2b96cc
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        h1,
        h2,
        h3,
        h4,
        h5,
        h6 {
            color: #151515;
            line-height: 1;
            font-family: 'PT Sans', 'Arial', 'Open Sans', 'Lato', 'Source Han Sans'
        }

        .h4, .h5, .h6, h4, h5, h6 {
            margin-top: 15px;
            margin-bottom: 10px;
        }

        p {
            color: #666;
            font-size: 14px;
            line-height: 1.6;
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        /*cf清除浮动*/
        .cf:before, .cf:after {
            display: table;
            content: '';
        }

        .cf:after {
            clear: both;
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        .cf {
            zoom: 0;
        }

        /*清除下划线*/
        .noTextdecoration {
            text-decoration: none;
        }

        .dropdown-menu {
            box-shadow: none;
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            border-color: rgba(0, 0, 0, 0.1);
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            padding: 0px;
        }

        .layout {
            padding: 0;
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            min-width: 751px;
            max-width: 100%;
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        }

        .wrapper {
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            min-height: 100%;
        }

        /* 顶部导航 */
        .navbar-frame {
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            position: relative;
        }

        .navbar-frame > .public-navbar-frame {
            background: #ffffff;
            border-bottom: solid 1px rgba(0, 0, 0, 0.05);
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        .navbar-frame > .public-navbar-frame .public-navbar {
            margin: 0px;
        }

        .navbar-frame > .public-navbar-frame .public-navbar > li {
            margin: 0px;
            border-right: solid 1px rgba(0, 0, 0, 0.1);
            padding: 0px;
        }

        .navbar-frame > .public-navbar-frame .public-navbar > li:first-child {
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        .navbar-frame > .public-navbar-frame .public-navbar > li > a {
            font-size: 12px;
            display: block;
            padding: 0px 10px;
            color: #151515;
            cursor: pointer;
            text-decoration: none;
            text-transform: uppercase;
            line-height: 38px;
        }

        /* 顶部导航下拉列表 */
        .public-navbar .dropdown-menu {
            margin-top: 1px;
            border-radius: 0px;
            padding: 0px;
            border: 1px solid rgba(0, 0, 0, 0.1);
            border-top: 1px solid transparent;
        }

        .public-navbar #project-list-btn > .dropdown-menu {
            width: 480px;
        }

        .public-navbar #project-list-btn > .dropdown-menu > li {
            display: inline-block;
            width: 33.33%;
        }

        .public-navbar .dropdown-menu > li > a {
            padding: 5px 8px;
        }

        .public-navbar .dropdown-menu > li > a.disabled {
            pointer-events: none;
        }

        .public-navbar .dropdown-menu > li > a:hover,
        .public-navbar .dropdown-menu > li > a:focus {
            background: rgba(0, 0, 0, 0.03);
        }

        /* 语言列表 */
        .language-list form > button.btn {
            color: #151515;
            cursor: pointer;
            display: block;
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            clear: both;
            font-weight: 400;
            white-space: nowrap;
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            margin: 0px;
            width: 100%;
            text-align: left;
            border: 0px;
            line-height:
        }

        .language-list form > button.btn:hover,
        .language-list form > button.btn:focus {
            color: #151515;
            background: rgba(0, 0, 0, 0.03);
            text-decoration: none;
        }

        /* 项目导航 */
        .project-navbar-frame {
            height: 162px;
            border-top: solid 1px rgba(0, 0, 0, 0.1);
            border-bottom: solid 1px rgba(0, 0, 0, 0.1);
        }

        /* logo导航 */
        .logo-navbar {
            height: 100px;
        }

        #logo > a > img {
            height: 60px;
            margin: 20px 0px;
        }

        /* 主导航 */
        .main-navbar-frame {
            height: 60px;
            border-top: solid 1px rgba(0, 0, 0, 0.1);
            border-bottom: solid 1px rgba(0, 0, 0, 0.1);
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        }

        .main-navbar {
            position: static;
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            margin: 0;
            padding: 0;
            list-style: none;
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        .main-navbar > li {
            float: left;
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        }

        .main-navbar > li > a {
            display: block;
            padding: 9px 15px;
            font-size: 14px;
            line-height: 40px;
            color: #151515;
            text-transform: uppercase;
            border-bottom: solid 2px transparent;
        }

        .main-navbar > li:hover > a,
        .main-navbar > li:focus > a,
        .main-navbar > li > a:hover,
        .main-navbar > li > a:focus,
        .main-navbar > li.active > a,
        .main-navbar > li.active:hover > a {
            color: #151515;
            background: rgba(0, 0, 0, 0.03);
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        .main-navbar > li.dropdown > a {
            padding-right: 25px;
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        .main-navbar > li.dropdown > a::after {
            content: "\f0d7";
            font-family: "FontAwesome";
            right: 15px;
            position: absolute;
            display: inline-block;
            top: 11px;
        }

        .main-navbar > li.dropdown > a:focus::after {
            content: "\f0d8";
        }

        .main-navbar > li.dropdown > ul.dropdown-menu {
            margin-top: 0px;
            border: 1px solid rgba(0, 0, 0, 0.03);
            border-top: 1px transparent solid;
            border-radius: 0px;
            padding: 0px;
        }

        .main-navbar > li.dropdown > ul.dropdown-menu > li a {
            font-size: 12px;
            line-height: 23px;
            padding: 6px 16px;
            color: #151515;
            background: #fff;
            text-transform: uppercase;
        }

        .main-navbar > li.dropdown > ul.dropdown-menu > li:hover a,
        .main-navbar > li.dropdown > ul.dropdown-menu > li:focus a,
        .main-navbar > li.dropdown > ul.dropdown-menu > li a:hover,
        .main-navbar > li.dropdown > ul.dropdown-menu > li a:focus {
            text-decoration: none;
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        }

        .main-navbar > li.dropdown-search-form > a {
            padding-right: 15px;
        }

        .main-navbar > li.dropdown-search-form.open > a {
            background: rgba(0, 0, 0, 0.03);
        }

        .main-navbar > li.dropdown-search-form > a::after,
        .main-navbar > li.dropdown-search-form > a:focus::after {
            content: '';
        }

        .main-navbar > li.dropdown-search-form > ul.dropdown-menu {
            width: 350px;
        }

        .main-navbar > li.dropdown-search-form > ul.dropdown-menu input,
        .main-navbar > li.dropdown-search-form > ul.dropdown-menu button {
            border-radius: 0px;
            border: 0px;
        }

        .navbar-search-form > .input-group {
            border: #107796 1px solid;
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        .navbar-search-form > .input-group > .input-group-btn > .btn {
            color: #fff;
            background-color: #337ab7;
        }

        /* 导航条下警告/提示条 */
        .alert-frame .alert {
            margin: 0px 0px 15px;
        }

        /* 顶部警告/提示条 */
        .fix-alert-frame {
            position: fixed;
            top: 0px;
            right: 0px;
            left: 0px;
            width: 100%;
            z-index: 1010;
        }

        .fix-alert-frame .alert {
            margin: 0px;
            padding: 15px 0px;
        }

        /* 额外页脚 */
        .external-footer-frame {
            background: #f9f9f9;
            padding: 25px 0px;
        }

        /* 额外页脚logo */
        #footer-logo {
            margin: 0px;
        }

        /* 额外页脚文本 */
        #footer-text {
            font-size: 13px;
        }

        /* 页脚 */
        .footer-frame {
            border-radius: 0;
            background: #313131;
            display: block;
            width: 100%;
            position: absolute;
            left: 0;
            right: 0;
            bottom: 0;
        }

        /* 页脚版权 */
        .copyright {
            color: rgba(255, 255, 255, 0.6);
            padding-top: 25px;
            background: transparent;
            text-align: left;
        }

        .copyright a,
        .copyright a:hover,
        .copyright a:focus {
            color: rgba(255, 255, 255, 0.6);
            text-decoration: underline;
            font-size: 12px;
        }

        .text-padding {
            font-size: 10px;
            margin: 0px;
            line-height: 25px;
            color: #313131;
        }

        /* 以上所有样式，仅用于frame.html */
        /* 用户登录图标 */
        .fa-local:before {
            content: "\f007";
            color: #336699;
            font-family: "FontAwesome";
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        .fa-github-linked,
        .fa-google-plus-linked,
        .fa-linkedin-linked,
        .fa-windows-linked,
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        .fa-wechat-linked,
        .fa-weibo-linked {
            color: #336699;
            font-family: "FontAwesome";
        }

        .fa-github-linked:before,
        .fa-google-plus-linked:before,
        .fa-linkedin-linked:before,
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        .fa-weibo-linked:before {
            content: "\f0c0";
        }

        .fa-github {
            color: #333333;
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        .fa-google-plus:before {
            color: #DD4A38;
            content: "\f2b3";
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        .fa-linkedin:before {
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        /* 覆写主容器 */
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            padding-bottom: 30px;
        }

        /* 以下为主题-马川川 */
        /* 请注意不要覆盖了上方样式 */
        /*分割线*/
        hr {
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        /*===================table UI=====================*/
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        .dc-table-panel .dc-table-panelhead {
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        .dc-table-panel .dc-table-panelhead h4 {
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        .dc-table-panel .dc-table-panelhead h4 i {
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        .dc-table-content {
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            border-radius: 0 0 4px 4px;
        }

        .dataTables_scroll {
            border: solid 1px #ddd;
            border-bottom: none;
        }

        .dataTables_wrapper .dataTables_filter {
            margin-bottom: 15px;
        }

        table.dataTable thead th,
        table.dataTable thead td,
        table.dataTable tbody th,
        table.dataTable tbody td,
        table.dataTable tfoot th,
        table.dataTable tfoot td {
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            border-width: 0 0 1px 0;
            padding: 10px 18px;
            color: #666;
        }

        .dataTables_scroll .dataTables_scrollBody tbody tr:hover {
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        }

        .dataTables_wrapper.no-footer .dataTables_scrollBody {
            border: none;
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        /*=====================dataTables_paginate 分页====================*/
        .dataTables_paginate a.paginate_button {
            border: solid 1px #d4d4d4 !important;
            color: #20a8d8 !important;
            border-radius: 3px !important;
        }

        .dataTables_paginate a.paginate_button:hover {
            background: #20a8d8 !important;
        }

        .dataTables_wrapper .dataTables_paginate .paginate_button.disabled,
        .dataTables_wrapper .dataTables_paginate .paginate_button.disabled:hover,
        .dataTables_wrapper .dataTables_paginate .paginate_button.disabled:active {
            cursor: not-allowed;
            background: transparent !important;
        }

        .dataTables_wrapper .dataTables_paginate {
            padding-top: 1.5em;
        }

        /*=====================dataTables_info 提示信息====================*/
        .dataTables_wrapper .dataTables_info {
            padding-top: 2em;
        }

        .dataTables_info {
            color: #666 !important;
            padding-left: 3px;
        }

        /*=====================table search  数据搜索框====================*/
        .dataTables_wrapper .dataTables_length,
        .dataTables_wrapper .dataTables_filter,
        .dataTables_wrapper .dataTables_info,
        .dataTables_wrapper .dataTables_processing,
        .dataTables_wrapper .dataTables_paginate {
            color: #666;
        }

        .dataTables_wrapper .dataTables_length,
        .dataTables_wrapper .dataTables_filter {
            margin-top: 10px;
        }

        .dataTables_wrapper .dataTables_info,
        .dataTables_wrapper .dataTables_paginate {
            margin-top: 10px;
            margin-bottom: 10px;
        }

        .dataTables_wrapper .dataTables_filter input {
            border: solid 1px #ddd;
            padding: 6px;
            border-radius: 3px;
            width: 260px;
        }

        .dataTables_wrapper .dataTables_filter input:focus {
            border-color: #c8c8c8;
            outline: none;
        }

        /*================dataTables_length  每页显示多少条信息===================*/
        .dataTables_length label {
            padding-top: 2px;
        }

        .dataTables_length label select {
            border: solid 1px #ddd;
            padding: 2px 15px;
            width: 60px;
            height: 27px;
            border-radius: 3px;
        }

        .dataTables_length label select::-ms-expand {
            display: none;
        }

        .dataTables_length label select:focus {
            border: solid 1px #ddd;
            outline: none;
        }

        /*===================table里面nav-tabs多表导航栏===================*/
        .dc-table-panel .nav-tabs {
            border-bottom: none;
        }

        .dc-table-panel .nav-tabs li a {
            border: solid 1px #ddd;
            border-radius: 0px;
        }

        .dc-table-panel .nav-tabs li.active a {
            border-bottom: solid 2px #20a8d8;
        }

        .tab-content {
            border: none;
            padding: 15px 0;
        }

        .noborder {
            border: none;
        }

        /*================filter筛选搜索================*/
        .dc-filter {
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            border: solid 1px #369;
            border-right: none;
            padding: 10px;
            font-size: 14px;
            border-top-left-radius: 3px;
            border-bottom-left-radius: 3px;
            font-family: "Lato";
            letter-spacing: 1px;
            box-shadow: none;
            font-weight: bold;
        }

        .dc-filter:focus {
            border-color: #66afe9;
            outline: 0;
            transition: box-shadow .3s ease;
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            box-shadow: 0 0 8px rgba(102, 175, 233, 0.6), inset 0 0 1px rgba(0, 0, 0, 0.05);
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            -moz-box-shadow: 0 0 8px rgba(102, 175, 233, 0.6), inset 0 0 1px rgba(0, 0, 0, 0.05);
            -ms-box-shadow: 0 0 8px rgba(102, 175, 233, 0.6), inset 0 0 1px rgba(0, 0, 0, 0.05);
        }

        .dc-filterBtn {
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            border: none;
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        }

        .dc-filterBtn:hover {
            background: #2a5c8d;
        }

        /* =============project sidebar=============== */
        #sidebar-project-list .row {
            margin: 0px;
        }

        #sidebar-project-list .col-xs-6 {
            padding: 0px;
        }

        #sidebar-project-list h4 {
            font-size: 20px;
        }

        #sidebar-project-list a, #sidebar-project-list button {
            display: block;
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            line-height: 30px;
            text-align: left;
            background-color: #f8f8f8;
            font-size: 13px;
        }

        #sidebar-project-list button {
            opacity: .2;
            width: 100%;
        }

        /*
        #sidebar-project-list a:hover {
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            -ms-transition: border ease-in-out .3s;
        }
        */
        #sidebar-project-list img {
            max-width: 100%;
            width: 100%;
            border-radius: 3px;
        }

        #sidebar-project-list li {
            padding: 0px;
            width: 45%;
            margin-bottom: 5px;
        }

        @media (max-width: 850px) and (min-width: 751px) {
            #sidebar-project-list li {
                width: 100%;
            }
        }

        #sidebar-project-list li a {
            text-align: center;
            vertical-align: middle;
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        /*=================back-to-top=================*/
        .back-to-top {
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        .back-to-top {
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        .pdb25 {
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        .pdr20 {
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        /* 搜索框样式 */
        #form-global-search {
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            text-align: right;
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        #form-global-search > .input-group > .form-control {
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        #form-global-search > .input-group > .input-group-btn > .btn:hover {
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    </style>
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        #affix-sidebar > ul.nav > li > ul.nav > li.active > a {
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                                    class="fa fa-sign-in"></i><font _mstmutation="1" _msttexthash="11913408"
                                                                    _msthash="1">登录/注册</font></a></li>
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                            </li>
                            <li id="dc-btn"><a href="https://db.cngb.org/" _msttexthash="60684" _msthash="3">CNGBdb</a>
                            </li>
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                            <ul class="dropdown-menu" _msthidden="2">
                                <li _msthidden="1"><a href="https://db.cngb.org/fisht1k/browse/" _msttexthash="78520"
                                                      _msthidden="1" _msthash="11">Browse</a></li>
                                <li _msthidden="1"><a href="https://db.cngb.org/fisht1k/law/datapolicy/"
                                                      _msttexthash="157625" _msthidden="1" _msthash="12">Data policy</a>
                                </li>
                            </ul>
                        </li>
<!--                        <li class="dropdown "><a href="https://db.cngb.org/fisht1k/subprojects/#"-->
<!--                                                 class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" _msttexthash="5657314"-->
<!--                                                 _msthash="13">爆炸</a>-->
                            <ul class="dropdown-menu" _msthidden="5">
                                <li _msthidden="1"><a href="https://db.cngb.org/blast/blast/blastn/?project=fisht1k"
                                                      _msthidden="1"><font _mstmutation="1" _msttexthash="56485"
                                                                           _msthidden="1" _msthash="14">BLASTN </font><i
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                                                      _msthidden="1"><font _mstmutation="1" _msttexthash="56797"
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                                        class="fa fa-external-link"></i></a></li>
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                                <li _msthidden="1"><a href="https://db.cngb.org/blast/blast/tblastn/?project=fisht1k"
                                                      _msthidden="1"><font _mstmutation="1" _msttexthash="70005"
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                                        class="fa fa-external-link"></i></a></li>
                                <li _msthidden="1"><a href="https://db.cngb.org/blast/blast/tblastx/?project=fisht1k"
                                                      _msthidden="1"><font _mstmutation="1" _msttexthash="71695"
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                                        class="fa fa-external-link"></i></a></li>
                            </ul>
                        </li>
                    </ul><!-- 主导航栏右侧按钮 -->
                    <ul class="main-navbar pull-right">
                        <!-- 主导航栏右侧全文搜索按钮。可选，通过settings.py中GLOBAL_SEARCH配置项配置，请根据项目数据是否适合实现全文检索确定 --></ul>
                </div>
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        </div>
    </div>
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        <div class="alert-frame"></div>
        <div class="fix-alert-frame"><!--div class="container"><div class="alert alert-dismissible alert-danger fade in" data-code="test-fix-alert" role="alert"><button type="button" class="close" data-dismiss="alert"><span>&times;</span></button>Test the fix alert bar.
            </div></div--></div>
        <div class="row">
            <div class="col-xs-9"><h2 _msttexthash="9748830" _msthash="19">项目</h2>
                <hr>
                <h3 id="phylogeny" _msttexthash="105959061" _msthash="20">鱼类系统发育：所有鱼类的系统发育树</h3>
                <hr>
                <p class="text-center pull-right" style="width: 50%; margin-left: 15px;"><img class="img-thumbnail"
                                                                                              src="./第三项_files/phylogeny.min.jpeg"
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                                                                                              style="width: 100%;"
                                                                                              _mstalt="236821"
                                                                                              _msthash="21"><br><small
                        _msttexthash="53246245" _msthash="22">里卡多·贝坦库尔-R等<i _istranslated="1">人，</i>2013</small></p>
                <p _msttexthash="27237851615" _msthash="23">
                    鱼类之间的系统发育关系正在通过新的遗传数据来源逐渐得到解决。最近使用适度数量（10至20）分子标记的研究中，鱼类生命树的分辨率不断提高。这些研究为大多数骨干节点提供了前所未有的分辨率和高支持，首次定义了所有鱼类的全球系统发育。这棵树的总体结构与以前的形态学和分子学研究一致，但已经提出了意想不到的新分支。最重要的结果是解决了历史上顽固的关于冠组Percomorph鱼类之间亲和力的不确定性，该组包含所有鱼类物种的约三分之一（约30目和近300科）。新的分子系统发育将percomorph亲和力分解为九个得到充分支持的超序数分支，这表明它们现存的多样性起源于相对较新的独立辐射。然而，新发现的Percomorph分支中较差的系统发育分辨率阻碍了我们对影响形态和谱系多样化速率的主要因素的理解。未来的研究应该提供这种必要的系统发育解决方案，以提高我们理解最丰富的珊瑚礁鱼类分支和最神秘的深海群体进化的能力。</p>
                <p _msttexthash="104432887" _msthash="24">需要额外研究的鱼树的几个部分包括：</p>
                <ol type="i">
                    <li _msttexthash="696736963" _msthash="25">
                        真硬骨形类群的基础分歧和原翅目界限，特别是阿根廷形目、星系形目、锑形目、鲑形目、社会形、造口型和新硬骨型的相互关系;
                    </li>
                    <li _msttexthash="539299280" _msthash="26">
                        新Percomorph系列Pelagimorpharia，Carangimorpharia，Ovalentaria，Percomorpharia和Perciformes目中组件之间的相互关系;
                    </li>
                    <li _msttexthash="775717072" _msthash="27">
                        检查的55个Percomorph家族（以及许多其他未检查的家族）的序数状态，这些家族仍然具有不确定的序数隶属关系（incertae sedis）。
                    </li>
                </ol>
                <p _msttexthash="1127715485" _msthash="28">
                    Fish-T1K项目将大大有助于重建所有鱼类的综合分子系统发育，以进一步解决和测试现有的系统发育假设，并更好地了解鱼类令人难以置信的多样性的进化。</p><h4
                        _msttexthash="5668429" _msthash="29">协调</h4>
                <ul>
                    <li _msttexthash="284206741" _msthash="30">吉列尔莫·奥尔蒂（<a href="mailto:gorti@gwu.edu"
                                                                           _istranslated="1">gorti@gwu.edu），</a>美国乔治华盛顿大学生物科学系。
                    </li>
                    <li _msttexthash="504040082" _msthash="31">Byrappa Venkatesh（<a
                            href="mailto:mcbbv@imcb.a-star.edu.sg" _istranslated="1">mcbbv@imcb.a-star.edu.sg），</a>分子和细胞生物学研究所，A
                        * STAR，新加坡。
                    </li>
                    <li _msttexthash="321579856" _msthash="32">孙颖（<a href="mailto:sunying@genomics.cn"
                                                                     _istranslated="1">sunying@genomics.cn</a>），海洋生物银行，华大基因深圳，中国。
                    </li>
                    <li _msttexthash="443349348" _msthash="33">史琼（<a href="mailto:shiqiong@genomics.cn"
                                                                     _istranslated="1">shiqiong@genomics.cn</a>），农业基因组学国家重点实验室，华大基因深圳，中国。
                    </li>
                </ul>
                <h3 id="venom_gene_evolution" _msttexthash="35635834" _msthash="34">鱼毒的进化基因组学</h3>
                <hr>
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                </div>
                <p _msttexthash="3202683770" _msthash="43">
                    毒液是一种复杂的生物活性成分（如蛋白质、肽、氨基酸、神经递质和多胺）的生化混合物，为蝎子、蜘蛛和狮子鱼等有毒动物的成功多样化奠定了基础。目前的研究集中在有毒动物（例如蛇）毒素中发现的潜在药理学或生理工具，揭示了几种药物，其功能范围从抗凝到抗血管生成。</p>
                <p _msttexthash="4073407104" _msthash="44">
                    与陆生动物群体相比，有毒鱼类在很大程度上被忽视为潜在药物的来源，迄今为止只有大约十几种毒素来自有毒鱼类。然而，最近的研究结果表明，有毒的鱼类可能比所有其他有毒脊椎动物的总和还要多，但对鱼类中存在的毒液组成知之甚少。因此，有毒鱼类是一种尚未开发的天然产品资源，具有潜在的药益等待开发。</p>
                <p _msttexthash="2471768858" _msthash="45">
                    因此，我们将研究来自Siluriformes，Beryciformes，Perciformes和Scorpaeniformes的有毒骨鱼的代表，使用转录组学和肽组学（LC-MS /
                    MS测序）的组合，然后进行扩展的生物信息学分析，以成功鉴定鱼毒液中的毒素样肽。</p><h4 _msttexthash="5668429" _msthash="46">协调</h4>
                <ul>
                    <li _msttexthash="367432039" _msthash="47">Agostinho Antunes（<a href="mailto:aantunes@ciimar.up.pt"
                                                                                    style="" _istranslated="1">aantunes@ciimar.up.pt</a>），CIIMAR，波尔图大学，葡萄牙。
                    </li>
                </ul>
                <h3 id="transition" _msttexthash="87905389" _msthash="48">鳍鱼类的微生物和海洋到淡水的过渡</h3>
                <hr>
                <p _msttexthash="3142132773" _msthash="49">
                    放线鸟鱼类栖息在从深海到湖泊、河流甚至季节性池塘的一系列水域中。淡水鱼的多样性一直是进化生物学家特别感兴趣的，因为大约一半的鱼类物种栖息在淡水水生环境的一小部分。虽然鳍鱼在其进化史上曾多次入侵淡水，但跨越这一屏障的能力分布不均，许多谱系完全是海洋的。</p>
                <p _msttexthash="16451262191" _msthash="50">
                    入侵淡水的能力是一个复杂的特征。渗透压的变化对许多生物来说是一个挑战，侵入淡水环境的海洋生物将被迫应对这一挑战（Lee和Bell，1999年）。硬骨鱼对海水有低渗性，但对淡水有高渗性，因此海洋鱼必须排泄从海水中吸收的多余盐分，而淡水鱼会从环境中吸收盐分，以维持体内平衡（Evans，2008）。最近，通过对盐和淡水环境的宏基因组学研究，发现了第二个免疫屏障。病毒和细菌在其进化历史中相对较少地进行海洋
                    -
                    淡水过渡（Logares等人，2009年），盐度是微生物群落结构的最强决定因素（Lozupone和Knight，2007年）。鉴于这些差异，鱼类的免疫系统应该在适应淡水方面发挥非常重要的作用，但这种作用尚未得到很好的研究。</p>
                <p _msttexthash="9219401841" _msthash="51">
                    没有生物是一座孤岛，我们越来越意识到微生物与其脊椎动物宿主之间的不断相互作用。鱼类微生物组的早期研究往往只反映可以通过培养技术检测到的细菌群落，但测序技术的进步使研究人员能够更完整地表征微生物群落（Austin，2006）。水产养殖鱼类的微生物组一直令人感兴趣，尽管对野生鱼类种群的研究很少（Sevellec
                    et al.， 2014）。大多数研究都集中在建立硬骨肠道微生物组（Llewellyn等人，2014），但即使是这一领域的研究也远远落后于其他脊椎动物（Clements等人，2014）。</p>
                <p _msttexthash="22220795766" _msthash="52">
                    当鱼类在海洋和淡水环境之间过渡时，它们很可能会遇到全新的微生物谱，这可能会显着改变它们的微生物组。鳃分泌含有溶菌酶和其他抗菌剂的粘液，作为对抗病原体的第一道防线（Cahill，1990;戈麦斯等人，2013
                    年;普莱斯和埃文森，1999年）。即便如此，鳃组织上经常大量发现细菌，共生和致病物种都可以栖息在粘膜层（Austin，2006;卡希尔，1990年;戈麦斯等人，2013
                    年）。有证据表明，鱼类的细菌菌群受到环境的严重影响，有证据表明纬度和温度存在差异（Cahill，1990年），以及与同一物种盐度相关的差异（Horsley，1973年）。鉴于细菌群落结构与盐度之间的密切关系（Lozupone和Knight，2007），记录在案的鱼类微生物群差异与盐度梯度相关也就不足为奇了。在大多数情况下，这些细菌的功能特征尚不清楚，除非已鉴定出病原体。</p>
                <p _msttexthash="4415400236" _msthash="53">
                    Fish-T1K项目提供了一个独特的机会来调查生命鱼树上的鱼类微生物群，并深入了解盐度如何在大范围内形成差异。此外，我们可以提出有关海洋和淡水之间不同微生物群落如何塑造栖息在这些不同环境中的鱼类免疫系统的潜在遗传基础的问题。对鳃组织的关注是此类研究的理想选择，因为它具有免疫功能及其与环境的直接相互作用。</p>
                <p _msttexthash="15297123972" _msthash="54">我们想建议使用以下一对已经测序的物种：<i _istranslated="1">Amblygaster
                    clupeoides</i>和<i _istranslated="1">Misgurnus anguillicaudatus</i>（Otomorpha）;<i _istranslated="1">丽莎</i>和<i
                        _istranslated="1">舌</i>苣（椭圆形）;<i _istranslated="1">白头鹦鹉</i>和<i _istranslated="1">白</i>头鹦鹉（鲈形目）。使用由Fish-T1K项目测序的成对海洋和淡水物种，我们可以使用Pathoscope
                    2.0调查鳃中存在的微生物，该病理镜使用似然模型来分配基于基因组数据库的特定测序读取的基因组起源（Hong等人，2014）。这将使我们能够询问海洋和淡水鱼类的微生物群落是否存在显着差异，还可以确定这些微生物组的功能特征是否在不同环境中显着不同。它还将使我们能够评估环境或系统发育相关性在塑造鳃微生物群落方面是否更重要。
                </p>
                <p _msttexthash="11792557101" _msthash="55">
                    进一步利用转录组数据，我们可以研究微生物群落的差异是否导致了海洋和淡水鱼类免疫系统的不同选择机制。通过识别我们研究物种中与免疫功能相关的基因的直系同源转录本，我们可以测试关于这两种非常不同的环境之间免疫系统选择性质的假设。使用非同义到同义的替换率来检测正选择基因并测试进化速率的增加（快速进化的基因，sensu（Backstrom
                    等人，2013）），我们可以测试淡水中不同微生物群落导致鱼类免疫系统的不同选择机制的假设。积极选择和快速进化的免疫基因数量显着增加将支持免疫系统在允许鱼类适应淡水方面很重要的观点。</p><h4
                        _msttexthash="5334199" _msthash="56">引用</h4>
                <ul>
                    <li _msttexthash="247283829" _msthash="57">奥斯汀，B.，2006 年。鱼类细菌菌群，修订。科学世界杂志6，931-945。</li>
                    <li _msttexthash="1500282277" _msthash="58">Backstrom， N.， Zhang， Q.， Edwards， S.V.，
                        2013.来自家雀（Haemorhous mexicanus）脾转录组对雀形目鸟类适应性进化和偏向基因转化的证据。分子生物学与进化30，1046-1050。
                    </li>
                    <li _msttexthash="272342096" _msthash="59">卡希尔，M.M.，1990年。鱼类细菌菌群：综述。微生物生态学19，21-41。</li>
                    <li _msttexthash="832135057" _msthash="60">克莱门茨，K.D.，安格特，E.R.，蒙哥马利，W.L.，乔特，J.H.，2014
                        年。鱼类肠道微生物群：已知和未知。分子生态学23，1891-1898。
                    </li>
                    <li _msttexthash="1130834263" _msthash="61">埃文斯，D.H.，2008 年。硬骨鱼渗透调节：自August Krogh，Homer Smith和Ancel
                        Keys以来，我们学到了什么。美国生理学杂志 - 监管，综合和比较生理学295，R704-R713。
                    </li>
                    <li _msttexthash="954019222" _msthash="62">戈麦斯，D.，Sunyer，J.O.，萨利纳斯，I.，2013
                        年。鱼类的粘膜免疫系统：在对抗病原体的同时耐受共生的进化。鱼类贝类免疫35，1729-1739。
                    </li>
                    <li _msttexthash="2416651900" _msthash="63">Hong， C.， Manimaran， S.， Shen， Y.， Perez-Rogers， J.F.，
                        Byrd， A.L.， Castro-Nallar， E.， Crandall， K.A.， Johnson， W.E.， 2014.PathoScope
                        2.0：用于环境或临床测序样本中菌株鉴定的完整计算框架。微生物组2，1-15。
                    </li>
                    <li _msttexthash="571092327" _msthash="64">霍斯利，R.W.，1973 年。大西洋鲑鱼（Salmo salar
                        L.）的细菌菌群与其环境的关系。应用细菌学杂志36，377-386。
                    </li>
                    <li _msttexthash="483866045" _msthash="65">
                        李，C.E.，贝尔，文学硕士，1999年。最近咸水动物入侵淡水的原因和后果。生态学与进化趋势14，284-288。
                    </li>
                    <li _msttexthash="1243479224" _msthash="66">卢埃林，理学硕士，布坦，S.，霍西尼法尔，S.H.，德罗姆，N.，2014
                        年。硬骨微生物组：在水产养殖和渔业中的表征、操作和重要性的最新技术。微生物学前沿5，207。
                    </li>
                    <li _msttexthash="1428600108" _msthash="67">Logares， R.， Brate， J.， Bertilsson， S.， Clasen， J.L.，
                        Shalchian-Tabrizi， K.， Rengefors， K.， 2009.微生物世界中不常见的海洋-淡水转变。微生物学趋势17，414-422。
                    </li>
                    <li _msttexthash="506169482" _msthash="68">Lozupone， C.， Knight， R.，
                        2007.细菌多样性的全球模式。美利坚合众国国家科学院院刊104，11436-11440。
                    </li>
                    <li _msttexthash="436018570" _msthash="69">出版社，C.M.，埃文森，Ø.，1999年。硬骨鱼类免疫系统的形态。鱼类和贝类免疫学9，309-318。</li>
                    <li _msttexthash="2006933396" _msthash="70">塞维勒克，M.，帕维，S.A.，布坦，S.，菲尔托，M.，德罗姆，N.，贝尔纳切斯，L.，2014
                        年。使用下一代测序在湖白鲑（Coregonus clupeaformis）的生态物种形成背景下进行微生物组研究。进化生物学杂志27，1029-1046。
                    </li>
                </ul>
                <h4 _msttexthash="5668429" _msthash="71">协调</h4>
                <ul>
                    <li _msttexthash="290356833" _msthash="72">莉莉·休斯（<a href="mailto:lilychughes@gwu.edu"
                                                                        _istranslated="1">lilychughes@gwu.edu），</a>美国乔治华盛顿大学生物科学系。
                    </li>
                    <li _msttexthash="284206741" _msthash="73">吉列尔莫·奥尔蒂（<a href="mailto:gorti@gwu.edu"
                                                                           _istranslated="1">gorti@gwu.edu），</a>美国乔治华盛顿大学生物科学系。
                    </li>
                    <li _msttexthash="390987207" _msthash="74">Keith Crandall（<a href="mailto:kcrandall@gwu.edu"
                                                                                 _istranslated="1">kcrandall@gwu.edu</a>），美国乔治华盛顿大学计算生物学研究所。
                    </li>
                </ul>
            </div>
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                        <ul class="nav">
                            <li class="active"><a href="./第三项.html"
                                                  _msttexthash="23133240" _msthash="75">鱼类系统发育</a></li>
                            <li><a href="./第三项.html"
                                   _msttexthash="20626723" _msthash="76">鱼毒基因进化</a></li>
                            <li><a href="./第三项.html" _msttexthash="44364840"
                                   _msthash="77">微生物和海洋-淡水过渡</a></li>
                        </ul>
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    </div>
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                            <li style="width: 100%;"><a href="https://www.cngb.org/"
                                                        title="China National GeneBank | 国家基因库"
                                                        style="display: block; height: 100px; width: 100%; background: transparent url(/dc_assets/build/dc_public/img/logo/svg/cngb_standard_standardText_noBg_noVer.svg) no-repeat;"></a>
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                        </ul>
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                    <div class="col-xs-5" id="footer-text"><p><font _mstmutation="1" _msttexthash="174320172"
                                                                    _msthash="78">中国<br _mstmutation="1"
                                                                                        _istranslated="1"><br
                            _mstmutation="1" _istranslated="1">国家基因库（CNGB）<br _mstmutation="1" _istranslated="1">深圳市大鹏区金沙路
                        联系我们</font><a href="mailto:CNGBdb@cngb.org"><font _mstmutation="1" _msttexthash="249990"
                                                                          _msthash="79">CNGBdb@cngb.org</font><i
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                                                                                               _msttexthash="24923431"
                                                                                               _msthash="80">仅用于技术支持。</font>
                    </p></div>
                    <div class="col-xs-3"><h4 style="margin-top: 0px;" _msttexthash="12501060" _msthash="81">取得联系</h4>
                        <p><a href="" _msttexthash="387049"
                              _msthash="82">以渔</a></p><h4 _msttexthash="40528748" _msthash="83">
                            版权和免责声明</h4>
                        <p _msttexthash="54355548" _msthash="84">单击<a href="https://db.cngb.org/fisht1k/law/copyright/"
                                                                      _istranslated="1">此处</a>了解更多详细信息。</p></div>
                </div>
            </div>
        </div>
        <div class="copyright">
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                    <div class="col-xs-7"><i class="fa fa-copyright"></i><font _mstmutation="1" _msttexthash="37270389"
                                                                               _msthash="85">2023 <span
                            id="footer-cngb-name" _mstmutation="1" _istranslated="1">版权所有 <a
                            href="https://beian.miit.gov.cn/" target="_blank"
                            _istranslated="1">粤ICP备10059378号-4</a></span></font></div>
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                            href="https://db.cngb.org/policy/" _istranslated="1">隐私和安全政策</a> |<a
                            href="https://db.cngb.org/terms/" _istranslated="1">条款和条件</a></div>
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                            class="fa fa-spinner fa-spin"></i></p></div>
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<script src="./第三项_files/js" async="async"></script>
<script type="text/javascript">
    // elastic apm 相关功能。
    var htmlElement = document.getElementsByTagName('html')[0];
    var prjCode = htmlElement.getAttribute('data-project');
    var envMappings = {
        db: 'prod',
        dbrc: 'rc',
        dbtest: 'test',
        dbdev: 'dev',
        dbdev2: 'dev',
    };
    var subDomain = location.host.split('.')[0];
    elasticApm.init({
        serviceName: [envMappings[subDomain], prjCode === 'cga' ? 'cngbdb' : prjCode, 'fe'].join('_'),
        serverUrl: location.origin + '/apm/',
        environment: envMappings[subDomain],
    });
</script>
<script type="text/javascript">
    // cookie isLocalStorageAccountValid相关。
    var cookieText = 'isLocalStorageAccountValid=1';
    if (document.cookie.indexOf(cookieText) < 0) {
        cookieText += '; path=/';
        cookieText += '; domain=.' + location.hostname.split('.').slice(1).join('.');
        document.cookie = cookieText;
    }
    ;
    // 页面加载完成时更新localStorage account。
    var localStorageAccount = localStorage.getItem('account');
    var anonymousAccount = {
        isAuthenticated: false,
        displayUsername: '',
        role: '',
        status: {
            hasEmail: null,
            hasPhone: null,
            hasPassword: null
        },
        refreshedAt: new Date().getTime()
    };
    if (localStorageAccount) {
        var account = JSON.parse(localStorageAccount);
    } else {
        var account = anonymousAccount;
    }
    ;
    var localStorageAccountDom = $('#LocalStorageAccountInfo');
    var isAuthenticated = localStorageAccountDom.attr('data-authenticated') === 'True';
    if (isAuthenticated) {
        var currentAccount = {
            isAuthenticated: true,
            displayUsername: localStorageAccountDom.attr('data-username'),
            role: localStorageAccountDom.attr('data-type-name'),
            status: {
                hasEmail: localStorageAccountDom.attr('data-has-email') === 'True',
                hasPhone: localStorageAccountDom.attr('data-has-phone') !== '0',
                hasPassword: localStorageAccountDom.attr('data-has-password') === 'True'
            },
            refreshedAt: new Date().getTime()
        };
        if (account.isAuthenticated === false ||
            account.displayUsername !== localStorageAccountDom.attr('data-username')) {
            currentAccount.isModified = true;
        }
        ;
        localStorage.setItem('account', JSON.stringify(currentAccount));
    } else {
        if (account.isAuthenticated === true) {
            anonymousAccount.isModified = true;
        }
        ;
        localStorage.setItem('account', JSON.stringify(anonymousAccount));
    }
    ;
    // 异步完成时更新localStorage account。
    // 仅支持$.ajax及其子类，且complete可能会被覆盖。
    $.ajaxSetup({
        complete: function () {
            var account = JSON.parse(localStorage.getItem('account'));
            account.refreshedAt = new Date().getTime();
            localStorage.setItem('account', JSON.stringify(account));
        },
    });
    localStorageAccountDom.remove();
</script>
<script type="text/javascript">
    'use strict';
    // 当前页面下语言，其值要么是zh要么是en。
    var dc_lang = $('html').attr('lang').slice(0, 2);
    // csrf token
    var dc_csrf = $('html').attr('data-csrf');
    // 项目代号，注意是代号。
    var dc_project = $('html').attr('data-project');
    // javascript中的国际化语言文本存储对象
    var i18n_text = {};
    var _i = function (text_code_name) {
        if (i18n_text.hasOwnProperty(text_code_name)) {
            return i18n_text[text_code_name][dc_lang];
        } else {
            console.log('Global variable `i18n_text` does not has key: ' + text_code_name + '.');
            return 'null';
        }
        ;
    };
</script>
<script type="text/javascript">
    // 全局警告/提示系统
    window.Alert = {
        alert_list: [],
        alert_dom: $('.fix-alert-frame'),
        showing: false,
        render_template: function () {
            var template = '<div class="alert alert-dismissible {class} fade in" data-code="{code}" role="alert"><div class="container"><button type="button" class="close" data-dismiss="alert"><span>&times;</span></button>{content}</div></div>';
            template = template.replace('{code}', this.alert_list[0].code);
            template = template.replace('{class}', this.alert_list[0].external_class);
            if (this.alert_list[0].type_name === 'code') {
                template = template.replace('{content}', i18n_text[this.alert_list[0].code][window.dc_lang]);
            } else {
                template = template.replace('{content}', this.alert_list[0].code);
            }
            ;
            var alert = $(template);
            this.alert_dom.html(alert);
            this.showing = true;
            if (this.alert_list[0].time !== 'static') {
                var self = this;
                setTimeout(function () {
                    $(alert.find('button')).trigger('click');
                }, this.alert_list[0].time);
            }
            ;
        },
        set: function (code, class_name, type_name, time) {
            var item = {code: code, external_class: class_name, type_name: type_name, time: time || 1500};
            this.alert_list.push(item);
            if (this.showing !== true) {
                this.render_template();
            }
            ;
        },
        init: function () {
            var self = this;
            this.alert_dom.on('click', function (event) {
                if (event.target.tagName === 'BUTTON') {
                    var tmp = self.alert_list.shift(0);
                    if (self.alert_list.length !== 0) {
                        self.render_template();
                    } else {
                        self.showing = false;
                    }
                    ;
                }
                ;
            });
            delete this.init;
        }
    };
    Alert.init();
    // 全页面自适应方法列表，全部绑定到resize事件上
    window.resizeList = [];
    $(window).on('resize', function (event) {
        var length = window.resizeList.length;
        for (var i = 0; i < length; i++) {
            try {
                if ($.isFunction(window.resizeList[i])) {
                    window.resizeList[i]();
                } else if (typeof window.resizeList[i] === 'object') {
                    window.resizeList[i].resize();
                } else if (typeof window.resizeList[i] === 'string') {
                    window[window.resizeList[i]].resize();
                } else {
                    console.log('Index ' + i + ' resizing error: Unsupported item to resize.');
                }
                ;
            } catch (error) {
                console.log('Index ' + i + ' resizing error: ' + error.message);
            }
            ;
        }
        ;
        length = null;
    });
    // 页脚高度自适应函数
    var adjustPaddingButtom = function () {
        $('.content').css('padding-bottom', $('.footer-frame').height() + 30 + 'px');
    };
    // 页头页脚框架信息
    var is_beta = ['10kp', 'add', 'bcgd', 'bddb', 'ccdb', 'cfdna', 'dhgv', 'gdrd', 'hiftd', 'scdb'].indexOf(window.dc_project) !== -1;
    $('#logo').append(is_beta ? '<span style="vertical-align: bottom;margin: 0px 0px 35px 5px;display: inline-block;color: #999;background-color: #f5f5f5;width: 40px;text-align: center;height: 18px;line-height: 18px;border-radius: 3px;">Beta</span>' : '');
    // 页脚高度自适应函数
    var adjustPaddingButtom = function () {
        $('.content').css('padding-bottom', $('.footer-frame').height() + 30 + 'px');
    };
    adjustPaddingButtom();
    resizeList.push(adjustPaddingButtom);
</script>
<script type="text/javascript">
    $(document).ready(function () {
        $('#affix-sidebar').css('width', $('#affix-sidebar').width());
        $('body').attr('data-spy', 'scroll').attr('data-target', '#affix-sidebar');
        $("#pic").owlCarousel({
            autoPlay: 4000,
            items: 4
        });
    });
</script>
<script>
    if (window.location.hostname === 'db.cngb.org') {
        var ga_code = $('html').attr('data-ga');
        window.dataLayer = window.dataLayer || [];

        function gtag() {
            dataLayer.push(arguments);
        }

        gtag('js', new Date());
        if (ga_code) {
            gtag('config', ga_code);
        }
        ;
        if (ga_code !== 'G-T45MLZBW6Q') {
            gtag('config', 'G-T45MLZBW6Q');
        }
        ;
    }
    ;
</script>
</body>
</html>
